La firma del Protocolo de Acuerdo de Coordinación y de Colaboración entre el Ministerio de Relaciones Exteriores y el Ministerio del Interior, de fecha 07 de noviembre de 2001, en las que ambas Secretarías de Estado acordaron llevar a cabo un proceso sistemático y orgánico de colaboración que permita a éstos desarrollar las funciones que en materia transfronteriza e internacional les asigna la ley, ha significado un constante desafío para cooperar a nivel institucional con los gobiernos regionales en la capacitación en materias de relaciones internacionales, cooperación e integración a fin de fortalecer las estructuras de la administración regional que se encarguen de dichas materias. Promover en el ámbito regional el conocimiento de los objetivos y aspectos más relevantes de la política exterior de Chile, dando a conocer en ese ámbito la labor global del Ministerio de Relaciones Exteriores, ha sido uno de los objetivos que más se ha cumplido.

En el marco de la política de descentralización y regionalización, el 25 de abril de 2005 se firma en Punta Arenas, el Acta de Acuerdo de Coordinación y Colaboración entre el Ministerio del Interior (a través de la Subsecretaría de Desarrollo Regional y Administrativo), el Ministerio de Relaciones Exteriores y los Gobiernos Regionales (a través de sus Intendentes), en la cual se comprometen a impulsar la agenda de compromisos de gestión y fortalecimiento de las estrategias regionales de inserción internacional, orientada a fomentar la instalación y consolidación de la institucionalidad regional, siendo necesario para ello transferir capacidades que incentiven sus propios desarrollos. Esta acta complementa y determina el compromiso del Ministerio de Relaciones Exteriores en el proceso de internacionalización de las regiones